我國制藥裝備行業雖然取得了很大的成績，但不少企業在技術水平上基本上仍處于仿制、改進及組合階段，沒有達到創新或超過世界同類產品的水平。業內有關專家分析認為，市場亟待整合和產品亟待創新是我國制藥裝備行業當前最急需破解的難題。
現階段，我國制藥裝備同國外制藥裝備水平相比整體上要差10年以上，造成我國制藥裝備技術水平發展緩慢的原因主要有以下幾點：
制藥裝備業復合型人才奇缺
制藥裝備是一個特殊的專業，融制藥工藝、生物技術、化工機械、機械及制造工藝、聲學、光學、自動化控制、計算機運用等專業于一體。制藥裝備研發的思路是要把這些相關專業貫穿于整個設計過程，而現在從事于制藥裝備研發的人員能熟練兼顧其中兩三個專業的人寥寥無幾，而單一專業人才難以在研發構思中注入這些專業元素。
部分制藥裝備企業競相壓價
現在部分制藥裝備企業步入競相壓價銷售的誤區，出現了零首付、使用后再付、低于成本價銷售等情況，產品利潤低導致企業資金周轉困難，更無力投入技術開發與創新，對企業、行業的技術進步健康發展不利，一些企業為了降低成本，偷工減料，低檔配置，出現了不能確保整機質量和售后服務差等弊端，降低了我國制藥裝備的國際信譽。
工藝路線的參數設定和變化有影響
制藥裝備工藝路線的參數設定和變化不僅直接影響藥品質量、療效，而且直接影響藥品生產企業能耗、成本、經濟效益及操作人員的健康。由于相當多的制藥裝備生產企業不具備試驗條件，尋找最佳工藝路線與高效的困難多，難度大，使得部分制藥裝備的先進性潛能不能即時有效地發揮。
專家指出，“GMP”認證后，國內制藥企業數量雖然減少，但素質、生產能力和水平、產品質量都有很大提高，對制藥機械的要求也隨之提高。國內藥機企業應發揮自己的優勢，在售前售后服務方面加強力量。企業可同一些醫藥設計院、研究所合作，參與藥廠的新藥開發、工藝改進工作，通過加強對設備的定期維護和對客戶的培訓等來贏得更多的客戶。同時，企業要善于抓住市場的差異化機會，加大技術力量研制開發適合中藥制造的設備。
